Hola,
He leído vuestra propuesta y creo que podríamos colaborar.
Voy a intentar responder a las cuestiones que planteáis:
1. Paypal tiene varias formas de pago. La más fácil de implementar es el botón de pago: un código copy-paste que genera la página de Paypal y que insertáis en vuestra web. El siguiente método sería el Express Checkout. En éste, aparece un formulario diseñado por vosotros y vuestro propio botón, no el de Paypal. En cualquier caso, vuestro cliente es "animado" por Paypal para que se registre si no tiene cuenta.
2. El código de descuento hay que cargarlo en vuestra web. A Paypal hay que enviarle el importe final.
3. Sí. Incluso hay que enviarlo desglosado a la plataforma de pago (Paypal o la que sea).
4. e-junkie funciona bastante bien, es tan buena como cualquier otra, pero es no es gratis. Su servicio es hacer que la implementación de Paypal y otras plataformas sea transparente para el comercio. Se encarga de gestionar los cobros y automatizar la descarga. Con Paypal, esta segunda parte la tenéis que programar vosotros.
Existen otras soluciones, como por ejemplo el tener una TPV virtual propia (una que os otorga vuestro banco, como si fuérais un comercio "offline"). Cuando vuestro cliente va a pagar (con tarjeta), es redirigido a la web del banco y ahí se hace el cobro. Luego el banco lo redirige a vuestra web. Dependiendo de cómo sea vuestro negocio, el banco estudiará el caso y os la concederá o no.
Recientemente ha aparecido en España una plataforma de pago llamada Stripe.com. Está en fase beta privada, pero es posible conseguir una cuenta completamente funcional simplemente rellenando un formulario en su web. Stripe no es como Paypal, en Stripe el cliente pone directamente su número de tarjeta y no percibe que está usando un servicio de terceros. En este caso, es necesario que vuestro servidor tenga un certificado de conexión segura (https).
Tanto si tenéis vuestra plataforma como si usáis Stripe, la puesta en marcha es más costosa que Paypal, y sobretodo mucho más que ejunkie. Eso sí, la imagen es más profesional.
En cualquier caso, cuando se trata de pagar, yo daría al cliente todas las opciones posibles :-)
Como véis, hay varias alternativas y me es difícil haceros una propuesta económica concreta. Si os parece bien, podemos seguir comentando esto por la mensajería de Nubelo y os puedo hacer una propuesta específica.
Saludos!
Juanma