Hola,
Luego del revisar tu propuesta, surgen las siguientes consideraciones:
Necesitaríamos ver o tener acceso a la aplicación para poder realizar pruebas de compatibilidad con MySQL 5.
La migración de datos no debería generar pérdidas, la propuesta es realizar todo el trabajo sobre entorno de prueba previo a pasar a productivo.
La aplicación está desarrollada en ASP? .Net?
Y por ultimo, cual es el motivo de la necesidad de cambio?
Si pueden ampliarnos esta información podremos enviarles una propuesta, en principio el trabajo podría realizarse.
Trabajamos desde Buenos Aires, Argentina. Más de 10 años de experiencia en desarrollo de aplicaciones y administración de servidores.
A disposición por cualquier consulta.
Saludos!