Buen día,
He trabajado haciendo hooks hacia aplicaciones sin tener el código fuente de dicha aplicacion, es decir tengo la habilidad de realizar un software que permita controlar una aplicación de escritorio, es decir automatizar tareas para este caso.
Para resolver lo que usted necesita, creare una aplicación en C# .NET que visite la pagina de su sistema en PHP obtendrá la información que será almacenada temporalmente en memoria, por otro lado, abriremos la aplicación y automatizará la captura de la información en su sistema SIGED, funcionará como si un usuario estuviera tecleando la información